武器（Weapons）是尼尔：自动人形中2B、9S和A2可以用于战斗的装备。获取主要是通过商店购买、世界探索或完成支线任务获得。该条目简要附注了获取方式，详细可在武器独立条目查看。
武器可以分为小型剑、大型剑、长枪、拳套。
小型剑[ | ]
| 信义 | 获取方式：三周目，资源回收装置魂之箱 （水没都市）二层，上锁的宝箱 | |
| 铁管 | 获取方式：下水道钓鱼概率获得 | |
| 凤凰短剑 | 获取方式：商业设施前，悬崖下方宝箱 | |
| 四〇式战术刀 | 获取方式：完成支线“礼物”（触发顺序：“通信环境调查”→“传送装置故障”→“礼物”）（委托人都是6O） | |
| 三式战术刀 | 获取方式：三周目，波波拉迪瓦拉处购买 | |
| 百兽剑 | 获取方式：抵抗军营地购买 | |
| 古代霸王 | 获取方式：抵抗军营地购买 | |
| 白之契约 | 获取方式：一周目，默认装备 | |
| 黑之誓约 | 获取方式：二周目，默认装备 | |
| 寄叶制式钢刀 | 获取方式：完成支线“11B的遗物” | |
| 机械生命体之剑 | 获取方式：帕斯卡村购买 | |
| 引擎剑 | 获取方式：工厂废墟地下，反方向通过传送带上方的平台，开启宝箱 | |
| 桧木棒 | 获取方式：森林城堡前方的建筑物上方（需要一定跳跃技巧） |
大型剑[ | ]
| 钢铁意志 | 获取方式：淹没都市桥面下，需要带上扫描仪 | |
| 双子之牙 | 获取方式：沙漠住宅区，某栋楼外部的楼梯上的宝箱 | |
| 百兽剑王 | 获取方式：抵抗军营地购买 | |
| 凤凰大剑 | 获取方式：第一次乘飞行装置降落废墟都市的楼顶，上锁的宝箱（需要9S） | |
| 四〇式斩机刀 | 获取方式：完成“数据解析狂·二”，邮箱获得。（需要完成前置任务“数据解析狂”）（委托人都是21O） | |
| 三式斩机刀 | 获取方式：三周目，波波拉迪瓦拉处购买 | |
| 白之约定 | 获取方式：工厂入口对面，在序章自爆的地点回收 | |
| 黑之血盟 | 获取方式：第一片沙漠地下，上锁的门后，往里走一段距离（需要9S） | |
| 机械生命体之斧 | 获取方式：帕斯卡村购买 |
长枪[ | ]
| 凤凰枪 | 获取方式：沙漠中心附近，使用扫描仪寻找 | |
| 百兽双枪 | 获取方式：图书馆最上层（三周目4S的旁边），上锁的宝箱（需要9S） | |
| 草原龙骑枪 | 获取方式：森林地带某个洞穴里（埃米尔的追忆寻找月之泪的地方），宝箱 | |
| 王位篡夺者之枪 | 获取方式：完成“沙漠遗产” | |
| 四〇式战术枪 | 获取方式：完成“叛变的寄叶成员” | |
| 三式战术枪 | 获取方式：淹没都市，长距离跳跃到平台上，开启宝箱获得 | |
| 白之矜持 | 获取方式：游乐园废墟和废墟都市之间的下水道，往深处走，从另一个梯子上去 | |
| 黑之倨傲 | 获取方式：三周目回到废弃工厂，通过梯子爬到传送带上方，向左走，上锁的门内（需要9S） | |
| 机械生命体之枪 | 获取方式：帕斯卡村购买 |
拳套[ | ]
| 赤手空拳 | 获取方式：默认武器 | |
| 天使圣翼 | 获取方式：埃米尔商店，高速模式，购买获得 | |
| 恶魔秽牙 | 获取方式：二周目，游乐园boss建筑内部右边的电梯下去，出电梯向右走到尽头，一堆显示器的后面，上锁的宝箱（需要9S） | |
| 四〇式拳套 | 获取方式：抵抗军营地，传送装置旁上锁的宝箱（需要9S） | |
| 三式拳套 | 获取方式： | |
| 白之哀哭 | 获取方式：资源回收装置肉之箱前方附近，沿着树跳到高处，沿着高处的平台寻找 | |
| 黑之恸哭 | 获取方式：在正宗处将任意武器升至四级，对话获得 | |
| 机械生命体的头 | 获取方式：三周目，消除帕斯卡记忆，回到帕斯卡村，购买获得 | |
| 埃米尔的头 | 获取方式：完成前置任务“埃米尔的追忆”，偷走埃米尔的面具，之后打败埃米尔 |
